Sejarah Program Studi Ekonomi Syariah tidak dapat dipisahkan dari sejarah berdirinya Fakultas Ekonomi Universitas Negeri Surabaya. Pada tahun 2006, Fakultas Ekonomi yang sebelumnya merupakan Jurusan Pendidikan Ekonomi di bawah Fakultas Ilmu Sosial memisahkan diri dan resmi berdiri sebagai Fakultas Ekonomi melalui SK Dirjen Dikti Nomor 761/D/T/2006 tentang Pembukaan Fakultas Ekonomi Unesa tertanggal 16 Februari 2006, serta diperkuat dengan Surat Keputusan Rektor Unesa Nomor 050/J37/HK.01.23/PP.03.02/2006 tentang Pemisahan Jurusan Pendidikan Ekonomi dari Fakultas Ilmu Sosial dan Pembukaan Fakultas Ekonomi tertanggal 16 Maret 2006.

Pada awal berdirinya Fakultas Ekonomi, Rektor Universitas Negeri Surabaya saat itu, Prof. Haris Supratno, menyampaikan bahwa Fakultas Ekonomi Unesa memiliki karakteristik yang berbeda dibandingkan fakultas ekonomi di perguruan tinggi lainnya. Fakultas Ekonomi Unesa dirancang untuk dikembangkan dengan karakteristik ekonomi syariah, yaitu pengelolaan ekonomi yang berlandaskan prinsip-prinsip Islam.

Pengembangan ekonomi syariah mulai dirintis oleh dekan pertama Fakultas Ekonomi, Drs. Setyo Budiadi, M.M., melalui penguatan sumber daya manusia dan kegiatan akademik seperti seminar, workshop, dan pelatihan ekonomi syariah.

Perjalanan panjang tersebut akhirnya membuahkan hasil pada tahun 2014 dengan diterbitkannya izin penyelenggaraan Program Studi Ekonomi Islam melalui Surat Keputusan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 81/E/O/2014 tertanggal 23 Mei 2014.